洁净室的气流组织也是净化室内空气环境实现的保证措施方法之一。气流组织有非层流方式或层流方式两种。用高度净化的空气把车间内产生的粉尘稀释，叫做非层流方式（乱流方式）。用高度净化的气流作为载体，把粉尘排出，叫做层流方式。后者有垂直层流和水平层流方式。从房顶方向吹入清洁空气通过地平面排出叫垂直层流式，从侧壁方向刮入清洁空气，从对面侧壁排出叫水平层流式。
乱流方式由于换气次数的变化洁净度也随之变化，但通常洁净度要求10000级时换气次数在25～35次/小时范围内；洁净度要求100000级时换气次数在15～25次/小时范围内；洁净度要求300000级时换气次数在12～18次/小时范围内在100000级范围；层流方式通常规定了气体流速为0.25～0.5M/S。
A乱流方式的优点如下：①过滤器以及空气处理简便；②设备费低；③扩大规模比较容易；④与净化台联合使用，可保持级数高的洁净度。
B乱流方式的缺点如下：①室内洁净度受作业人员干扰；②易产生涡流有污染微粒在室内循环的可能；③换气次数少，因而进入正常运转的时间长动力费增加；④必须充分注意完善衣帽间、更衣室、风淋室等缓冲室，清洗工作服等。
C垂直层流方式的优点：①不受室内作业人数作业状态的干扰，能保持高洁净度；②换气数非常多，几乎在运转的同时成为稳定状态；③尘埃堆积或再飘浮非常少，室内产生的尘埃随气流运行被除去，迅速从污染状态恢复到洁净状态。
D垂直层流方式的缺点：①安装终滤器以及交换板麻烦，易引起过滤器密封口垫破损；②设备费高；③扩大规模困难。
E水平层流方式的优点：①因涡流、死角等原因，使尘埃堆积或再飘浮的机会少；②换气次数非常多，因而自身净化时间短；③室内洁净度不大受作业人数，作业状态的干扰。
F水平层流方式的缺点：①受风面近能保持高洁净度，但接近吸风面，半净度则随之降低；②扩大规模困难；③设备费不加垂直层流式高；④必须充分注意完善衣帽间，更衣室，风淋室等缓冲室，经常清洗工作服等。
把操作室全部净化设计成上述气流方式，附加设备费高，因此有必要考虑采用局部净化方式。实际上层流空气净化方式已被采用在一些关键设备内，例如输液的灌装设备、冻干针剂的灌装和加塞设备等，使药品在生产灌装时暴露于空气的局部达到100级，这样车间较大环境的洁净度不需那么高，而且实际上要使一个车间的洁净度均达到100级是很困难的。
